My door is always open.　直訳だと確かに「私の部屋のドアはいつでも開いている」ですがこれは＝「いつでも来てください」＝「いつでも相談に乗りますよ」という意味になります。

thumb は「親指」なので、直訳では「全部の指が親指」という意味ですが、実際は「不器用」という意味になります。親指は他の指と比べて太くて短いため、すべてが親指になってしまったら、細かな作業など、色々やりづらくなりますよね。この様子から、手先が不器用なことをこのように表現します。

rein とは馬を操る「手綱」のこと。通常は複数形で、pull on the reins（手綱を引く）のように用います。rein の読み方は「レイン」ですが、free rein は決して「自由な雨」ではなく、思いのままに手綱を操れるということから「自由裁量、行動の自由」を表すイディオムです。

just in case は「念の為」「万が一に備えて」という意味で、何か好ましくないことが起こるといけないので、用心して〜しておこう、という時に使うフレーズになります。

snug as a bug in a rug は英語特有の比喩的な表現。snugは「居心地がよい、くつろげる」、a bug in a rugは「じゅうたんの中の虫」という意味です。直訳すると「じゅうたんの中の虫のように居心地がよい」となり、そこから「ゆったりくつろいで、ぬくぬくと居心地よく」という意味合いのイディオムになります。