thumb は「親指」なので、直訳では「全部の指が親指」という意味ですが、実際は「不器用」という意味になります。親指は他の指と比べて太くて短いため、すべてが親指になってしまったら、細かな作業など、色々やりづらくなりますよね。この様子から、手先が不器用なことをこのように表現します。

のどが痛い
風邪などで「のどが痛い」は、have a sore throat というフレーズで表現することができます。soreは「ひりひりした」、throatは「のど」という意味です。「私はのどが痛いです」は、I have a sore throat.となります。

cup of tea は「一杯のお茶」という意味ですが、紅茶のブランドや飲み方にはそれぞれ好みがあることから、「好きなもの」「好み」「お気に入り」という意味でも使われています。
myの前にreally やjustを入れるとさらに強調されて、「まさに私好み」という意味になります。また、否定的にIt’s not my cup of tea.（これは好みじゃないな）と使うことも多く、苦手なものや不得意なことを「嫌い」と言わずにやんわり伝えることができます。

just in case は「念の為」「万が一に備えて」という意味で、何か好ましくないことが起こるといけないので、用心して〜しておこう、という時に使うフレーズになります。

日々のありふれた出来事のことを、日本語では「日常茶飯事」といいます。これにぴったりあてはまるのが、daily occurrence という英語表現。daily は形容詞で「毎日の、日常の」、 occurrence は名詞で「出来事、事件」という意味を持つことから、この２つの単語を組み合わせて「毎日の出来事」→「日常茶飯事」です。