That explains it.
explainは「説明する」という意味なので、That explains it.で、自分が疑問に思っていたことが、相手の説明や発言によって「それで腑に落ちた」「どおりでそのはずだ」と納得がいった気持ちを表すときに使います。その発言で説明がついた、もやもやがすっきりした！のようなイメージです。No wonder.という言い回しも同じニュアンスで「なるほど、納得」のような意味合いで使いますので合わせて覚えておきましょう。

Just between you and me. は直訳だと「わたしとあなたの間だけ」という意味ですが、「ここだけの話」「内緒だよ」というニュアンスで、話し相手以外には教えたくない話をするときの言い回しになります。

gesture はみなさんもご存じの通り、「ジェスチャー」つまり意思表示のことですよね。ナイスジェスチャーは「素晴らしい意思表示」つまり相手の思いやりのある行為などを表します。何かしてもらった時に、That’s a nice gesture.といえば「優しいね」「気が利くね」のような意味になります。

動詞の mind は「気にする」という意味。お詫びに対して Never mind. なら「気にしないで」ということですし、誰かの作業を邪魔したくないときに Don’t mind me. と言えば「私のことは気にしないで続けてください」→「お構いなく」の意味になります。

periodicalは「周期的な、定期的な」という意味で、新聞や雑誌などの「定期刊行物」のことをperiodical publicationと言うことも。この「周期ゼミ」が発生するのが13年や17年といった素数（１とその数でしか割り切れない数）であることも注目を集めました。「素数」はprime numberと言います。「偶数」even number、「奇数」odd numberなど、数字に関するその他の表現とあわせて覚えておきましょう。