Do you have time? なら「お時間はありますか？」ですが、Do you have the time? だと「何時ですか？」と時刻をたずねる質問になるように、定冠詞の the が付いているか否かで、意味がガラリと変わる名詞があります。

mud は「泥」を表す名詞です。as clear as mud を直訳すると、「泥と同じくらい明瞭な」となります。しかし、泥は透き通っておらず、濁ったもの。このフレーズは、実はユーモアを利かせた口語表現で、明快さが泥と同じ程度、つまり「不明瞭でさっぱりわからない」というニュアンスなのです。

唐突に「どうして長い顔なの？」とぶしつけな質問をしているわけではありません。long face を直訳すると「長い顔」ですが、実は「浮かない顔つき」の意味があります。Why the long face? は、悲しそうに見える相手を心配して、「浮かない顔をして、どうしたの？」とたずねる定型表現です。

「反省する＝reflect」と覚えた人も多いと思いますが、reflectはもともと「（光や熱を）反射する」という意味の言葉。そこから「熟考する、回顧する」という意味にも派生しています。しかし、過去の言動を振り返って深く考え、同じ過ちを繰り返さないと心に誓うことを「反省する」という場合、このreflectという語ではその気持ちは表すことはできません。

beat は「打つ」の他にも「打ち負かす」という意味があるので、Nothing beats で「〜も〜をまかすことはできない」つまり「〜にかなうものはない！」という意味になります。