be all ears は「全部が耳になる」ですが、体が全て耳になるくらい、興味津々だ、という気持ちを表します。自分がはじめて聞いたことや、興味をもったことに関して「よく聞かせて」「じっくり聞かせて」などというときに使う表現です。

That explains it.
explainは「説明する」という意味なので、That explains it.で、自分が疑問に思っていたことが、相手の説明や発言によって「それで腑に落ちた」「どおりでそのはずだ」と納得がいった気持ちを表すときに使います。その発言で説明がついた、もやもやがすっきりした！のようなイメージです。No wonder.という言い回しも同じニュアンスで「なるほど、納得」のような意味合いで使いますので合わせて覚えておきましょう。

Do you have the time? の直訳は「あなたはその時間を持っていますか？」ですが、これで「今何時ですか？」と現在の時間をたずねる決まり文句になります。カジュアル・フォーマル問わず、どのようなシーンでも使うことができます。

「私が支払います」を直訳してI’ll pay. でもいいですが、この表現はやや直接的。こんなとき、ネイティブがよく使うのがIt’s on me. 「私のおごりです」という表現です。

stomach は「胃」のことですので、have butterflies in one’s stomach は「胃のなかに蝶がいる」という意味になりますが、実はこれは比喩表現。
緊張や心配で「胸がドキドキする、そわそわと落ち着かない」という様子を表す決まり文句です。